Je potrebné myslieť na to, že namrznuté alebo predčasne vybrané plody zeleru sú menej trvanlivé. Pri vykopávaní zeleru dávame pozor, aby sme ich nepoškodili, pretože počas skladovania by začali hniť.
Korene na bulve skrátime na 2-4 cm, očistíme ich od zeminy. Listy opatrne rukou odstránime a necháme iba malé srdiečko mladých lístkov, aby bulvy nevädli. Takto upravené plody zeleru potom hneď uložíme do piesku najlepšie v pivnici.